Fast genau 100 Jahre nach der ersten modernen Edition (Denkmäler Deutscher Tonkunst, Band I, 1893) begann die Neuausgabe von Harald Vogel. Sie besteht aus drei Bänden, entsprechend der Aufteilung der originalen Druckausgabe von 1624 und enthält ausführliche Angaben zum Repertoire, zur Spielweise, zum Orgelbau und erstmalig eine Übersetzung der lateinischen Dedikationen. Die Neuausgabe repräsentiert einen neuen Editionstypus, der viele Details der originalen Notation (z. B. Notenwerte, Taktvorzeichnungen oder Taktlängen) bewusst nicht modernisiert. Das Hochformat akzentuiert den Charakter einer Ausgabe für alle Tasteninstrumente, denn fast alle Werke lassen sich auf einer Klaviatur (manualiter) ausführen. Die Notation ist durchweg auf zwei Systemen eingerichtet mit ausgewählten Sätzen auf drei Systemen, wobei der Cantus firmus jeweils separat erscheint. Die Kanonkompositionen werden erstmals in einer Spielnotation wiedergegeben.
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